Stanisław Koziej zaproponował utworzenie dwóch nowych departamentów: analiz strategicznych i prawno-organizacyjny. Departament analiz strategicznych ma zająć się przygotowywaniem analiz, opinii i ocen dla prezydenta, monitorowaniem informacji na temat bezpieczeństwa oraz przygotowywaniem projektów, koncepcji i propozycji zmian prawnych.

W związku z tą ostatnią funkcją zostanie utworzony departament prawny. Jego zadaniem będzie przygotowywanie konkretnych propozycji legislacyjnych. Zajmą się tym prawnicy, specjaliści od bezpieczeństwa międzynarodowego.

Część starych departamentów zostanie połączona. Stanisław Koziej zdecydował też, że zrezygnuje z zastępcy. Zamiast niego ma zamiar powołać kolegialne ciało doradców, ekspertów z organizacji pozarządowych. Szef BBN zapewnił, że będzie to grono z różnych środowisk politycznych. Zmiany w strukturze BBN oznaczają także redukcję etatów ze 115 do 79, czyli o jedną trzecią.