Niemcy zaatakowali placówkę 1 września 1939 roku. Wydarzenie to uznawane jest za początek drugiej wojny światowej. Celowniczy pancernika "Schleswig-Holstein" oddał pierwszą salwę o godzinie 4.45. Kilka minut później do szturmu na Wojskową Składnicę Tranzytową ruszyło ponad 3 tysiące niemieckich żołnierzy z morza, lądu i powietrza. Żołnierze z Westerplatte bronili się 7 dni, zakładano, że wytrzymają 12 godzin. 7 września, z powodu braku amunicji i pomocy dla rannych, wyczerpani żołnierze polskiej placówki poddali się. W obronie Westerplatte oddało życie16. żołnierzy, a 50. zostało rannych. Obrona Westerplatte miała wielkie znaczenie moralne dla żołnierzy walczących na innych odcinkach wrześniowego frontu. Było to pierwsze miejsce w Europie, gdzie przeciwstawiono się hitleryzmowi.

Na Westerplatte znajdowała się Polska Wojskowa Składnica Tranzytowa, był to symbol polskości w Wolnym Mieście Gdańsku. Prawo do utrzymania straży wojskowej na półwyspie zostało przyznane Polsce przez Ligę Narodów w 1925 roku. Rok później przybył na trałowcu ORP Mewa pierwszy oddział i rozpoczął pełnienie służby wartowniczej. W latach 1926-1939 na terenie półwyspu funkcjonowała Wojskowa Składnica Tranzytowa. 25 sierpnia 1939 roku przybył do Gdańska z rzekomo kurtuazyjną wizytą niemiecki pancernik szkolny Schleswig-Holstein. W rzeczywistości był to dobrze uzbrojony okręt przygotowany do ataku na Westerplatte. Pancernik zaatakował 1 września 1939 roku. Od 2 września obroną dowodził zastępca majora Sucharskiego, kapitan Franciszek Dąbrowski.

Pomimo przytłaczającej przewagi wroga, polscy żołnierze walczyli z determinacją zaciekłością. Po kapitulacji, w październiku 1939 roku, hitlerowcy przewieźli na Westerplatte polskich więźniów w celu uporządkowania terenu po walkach. W marcu 1940 roku utworzono na Westerplatte podobóz obozu koncentracyjnego w Stutthofie. Rok później zakończono prace rozbiórkowe prowadzone przez ostatnią grupę więźniów i rozwiązano podobóz.

Po wojnie, wiosną 1946 roku, rozpoczęto rozminowywanie terenu półwyspu. W tym samym roku na miejscu Wartowni numer 5 ustawiono krzyż i tablicę z nazwiskami poległych, tworząc symboliczny cmentarz poległych. W 1962 roku krzyż usunięto i postawiono na jego miejscu czołg T-34 z 1945 roku. W 1966 roku odsłonięto tu Pomnik Obrońców Wybrzeża, stojący do dzisiaj. Kształtem przypomina wyszczerbiony bagnet wbity w ziemię. 12 czerwca 1987 roku w tym miejscu odbyło się spotkanie papieża Jana Pawła II z westerplatczykami i młodzieżą.